제주윈드오케스트라는 1999년 4월부터 활동해 온 제주페스티벌밴드가 2005 년 2월에 개명된 것이다.
제주페스티벌밴드가 '제주윈드오케스트라'로 개명한 것은 세계를 향한 제주관악의 보다 진취적이며 적극적인 의지를 담고자 함이다. 제주윈드오케스트라는 1995년에 격년제로 시작된 제주국제관악제가 3회째인 1999년 축제부터 새로운 시도로 마련된 ‘위대한 작곡가의 작품조명'의 연주를 위해 같은 해 4월에 조직되었다. 제주국제관악제조직위원회는 그 첫 번째 대상자로 미국의 위대한 작곡가 알프렛 리드를 초청, 그의 지휘로 그의 대표적 작품들을 연주하였다.

제주윈드오케스트라는 2000년 대만 치아이시에서 열린 제 11 회 아시아· 태평양 관악제와 2002년 중국 광쩌우시의 제 12회 대회에 한국대표로 참가하였다.
그동안 제한된 시기에만 활동하던 이 밴드는 해마다 열리는 제주국제관악제를 비롯하여 특히 제주에서 개최되는 제 13 회 아시아· 태평양 관악제의 중추적 역할을 다하기 위해 2003년 2월에 상설화 체제로 조직을 정비하였다. 2005년 8월 서울세종문화회관에서 제주국제관악제 10주년을 기념하기 위한 '서울에서 만나는 제주국제관악제' 에서는 수준높은 연주로 관중들로부터 큰 박수를 받았다.

또한 2006년 프랭크 티켈리(미국), 2008년 야곱 드 한(네덜란드), 2009년 만프레드 슈나이더(독일)등 현대 관악의 거장들을 객원지휘자로 초청하여 그들의 작품을 연주하는 공연을 매해마다 기획하고 있다. 이들은 연주뿐만 아니라 해마다 제주국제관악제를 준비하고 진행하는 일에 각기 실질적인 부서를 맡아 최선을 다하며 제주관악을 이끌고 있다.